Заповед 66 беше заповедта, която канцлерът Палпатин даде на Великата армия на републиката Епизод III: Отмъщението на ситите. Това беше една от няколкото заповеди за извънредни ситуации, дадени на клонингите, които те бяха обучени да следват без съмнение в случай на спешност. Заповед 66, която можеше да бъде изпълнена само по пряка команда на Палпатин, призоваваше клонираните войници да убият своите джедайски лидери. Уж създадена, за да попречи на джедаите да се обърнат срещу републиката, Заповед 66 наистина беше планът на Палпатин да елиминира Ордена на джедаите, така че ситски може да вземе властта.
Във Вселената: Заповед 66 гласи:
В случай на джедайски офицери, действащи против интересите на републиката и след получаване на конкретни заповеди, проверени като идващи директно от върховния главнокомандващ (канцлер), командирите на GAR ще отстранят тези офицери със смъртоносна сила, а командването на GAR ще се върне към върховния главнокомандващ (канцлер), докато бъде създадена нова командна структура установено.
Когато е издадена Заповед 66, редица от Клонирани войници повярва, че това е фалшива заповед и започна да защитава джедаите, вместо да ги убива. Няколко други джедаи оцеляха, като убиха атакуващите клонинги.
Дарт Вейдър ръководи кампанията за преследване и убиване на повечето от оцелелите през годините след Заповед 66. Това имперско унищожаване на джедаите е известно като Голямата чистка на джедаите. Над 100 джедаи и бивши джедаи се укриват и преживя цялата чистка; например Йода и Оби-Уан Кеноби оцелява, като отиде в изгнание на отдалечените планети Дагоба и Татуин.
