Η διαταγή 66 ήταν η εντολή που έδωσε ο Καγκελάριος Πάλπατιν στον Μεγάλο Στρατό της Δημοκρατίας Επεισόδιο III: Η εκδίκηση των Σιθ. Ήταν μια από τις πολλές εντολές έκτακτης ανάγκης που δόθηκαν στους Clone Troopers, τις οποίες είχαν εκπαιδευτεί να ακολουθούν χωρίς αμφιβολία σε περίπτωση έκτακτης ανάγκης. Η διαταγή 66, η οποία μπορούσε να εκτελεστεί μόνο με άμεση εντολή του Πάλπατιν, κάλεσε τους στρατιώτες των κλώνων να σκοτώσουν τους ηγέτες τους Τζεντάι. Φαινομενικά στη θέση του για να εμποδίσει τους Τζεντάι να στραφούν εναντίον της Δημοκρατίας, το Τάγμα 66 ήταν πραγματικά το σχέδιο του Πάλπατιν να εξαλείψει το Τάγμα των Τζεντάι. Sith μπορούσε να πάρει την εξουσία.
In-Universe: Η παραγγελία 66 αναφέρει:
Σε περίπτωση που αξιωματικοί Τζεντάι ενεργούν ενάντια στα συμφέροντα της Δημοκρατίας και αφού λάβουν συγκεκριμένες εντολές που επαληθεύονται ότι προέρχονται απευθείας από τον Ανώτατο Διοικητή (Καγκελάριος), οι διοικητές του GAR θα απομακρύνουν αυτούς τους αξιωματικούς με θανατηφόρα βία και η διοίκηση του GAR θα επανέλθει στον Ανώτατο Διοικητή (Καγκελάριο) έως ότου σχηματιστεί μια νέα δομή διοίκησης καθιερωμένος.
Όταν εκδόθηκε η διαταγή 66, μια σειρά από Clone Troopers πίστεψε ότι ήταν μια ψεύτικη εντολή και άρχισε να προστατεύει τους Τζεντάι αντί να τους σκοτώσει. Αρκετοί άλλοι Τζεντάι επέζησαν σκοτώνοντας τους επιτιθέμενους Clone Troopers.
Νταρθ Βέιντερ ηγήθηκε της εκστρατείας για να κυνηγήσει και να σκοτώσει τους περισσότερους από τους επιζώντες τα χρόνια που ακολούθησαν το Τάγμα 66. Αυτή η αυτοκρατορική καταστροφή των Τζεντάι είναι γνωστή ως η Μεγάλη Εκκαθάριση των Τζεντάι. Πάνω από 100 Τζεντάι και πρώην Τζεντάι κρύφτηκαν και επέζησε ολόκληρης της Εκκαθάρισης; για παράδειγμα, Yoda και Obi-Wan Kenobi επέζησε πηγαίνοντας στην εξορία στους απομακρυσμένους πλανήτες Dagobah και Tatooine.
