Greyeva anatomija sezona 6 počeo s praskom, a završio s mnogo praska! Nakon nekih nejasnih tema i epizoda u prošlim sezonama, 6. sezona vraća se kako bi se u potpunosti iskoristila pružajući zanimljivu i akciju ispunjenu dramu u svakoj epizodi.
Spajanjem s drugom bolnicom i novim skupinama liječnika, priče počinju dobivati nove obrate:
Georgeova smrt
Svi su shrvani Georgeovom smrću, iako je većina blokira, ali u jednom ili drugom trenutku svaki plače za svojim gubitkom.
Jetra za Thatcher
Thatcher treba novu jetru i Lexie se odmah testira. Ona ne odgovara i traži od Meredith da testira. Isprva je nesklona, ali onda testira i otkriva da se slaže. Nakon operacije neko vrijeme leži u krevetu.
Spoji se s Mercy Westom
Šef najavljuje da će se Seattle Grace spojiti s Mercy West. Reed, April, Percy i Avery neki su od stanovnika koji dolaze iz Mercy Westa. U početku se ne uklapaju, ali s vremenom sve ide lakše, iako je velika konkurencija za operacije.
Izzie Leaves
Izzie nestane i Alex ne zna nastavlja li liječenje. Više puta je pokušava nazvati, ali ona mu se ne javlja. Kad se ipak vrati i sazna da je bez raka, želi se vratiti s njim, ali on kaže da zaslužuje bolje. Počinje izlaziti s Lexi, ali kad pomisli da umire, pozove Izzie.
Owen daje Cristini Teddyja
Owen poziva Teddyja Altmana, kardiotorakalnog kirurga koji je bio u ratu s Owenom da dođe u bolnicu. Cristina je voli, ali problem je i Owen. Owen voli Cristinu i Teddyja, a Teddy ga konačno tjera da izabere i on bira Cristinu.
Bailey datulje
Bailey počinje izlaziti s anesteziologom Benom Warrenom i puno je sretnija sve dok ga ne vidi kako flertuje s kolegom s posla. Kaže joj da je to lažno flertovanje i da to čini kako bi ona bila ljubazna prema njemu kad bude zakazala, ali da mu je jako stalo do Bailey i to je stvarno flert.
Derek je šef
Meredith shvaća da poglavica pije, ali ga pokriva. Ona to spomene Dereku i zamoli ga da nikome ne govori. Neko vrijeme čeka, ali onda to govori odboru. Šalju Webbera u ustanovu za odvikavanje i postavljaju Dereka za šefa. Derek mrzi biti šef jer nema vremena za operacije. Kad se Webber vrati, uprava mu ne dopušta da odmah nastavi svoj posao, pa radi pod Derekom kao pomoćnik.
Bez beba
Arizona i Callie prekinu jer Callie želi djecu, a Arizona ne. Nakon straha od smrti, Callie kaže da može živjeti bez djece, ali ne može živjeti bez Arizone. Arizona kaže da želi puno djece.
Pronalazi ga Markova kći i govori mu da je trudna. Poziva je da živi s njim, pa Lexie odlazi. Kada se beba rodi, Mark ga želi zadržati, ali ga Arizona odvrati od toga, rekavši da beba ima dobre roditelje koji ga čekaju.
Meredith saznaje da je trudna, ali kasnije tog dana dolazi do pucnjave i pobaci prije nego što uopće ima priliku reći Dereku.
The Shoot Out
Gary Clark je doveo svoju suprugu Allison u bolnicu, ali je nisu mogli spasiti. Bila je Webberov i Lexiein pacijent, a protiv Garyjeve želje, isključili su stroj koji ju je održavao na životu zbog napredne direktive koju je potpisala tri godine ranije.
Nekoliko tjedana kasnije, nakon parnice, Gary dolazi u bolnicu i pita Reeda gdje je šef, a ona ga otpuhne, pa ju on upuca. Alex dolazi vidjeti što se dogodilo i puca u njega. Alex se dovuče do dizala.
April se spotakne o Reeda dok hoda dok piše u svoj dnevnik. Ona je u šoku, ali uspijeva reći Dereku da je Reed mrtav. Derek poziva osiguranje i policiju i dobiva uputu da zatvori bolnicu.
Gary upuca Percyja, ali ne i Bailey jer ona kaže da je medicinska sestra. Kada Gary odlazi, ona pokušava spasiti Percyja uz pomoć svog pacijenta. Odvuku ga do dizala, ali dizala ne rade jer su zaključana i Percy umire.
Gary upuca medicinsku sestru, a onda Mark i Lexie pronalaze Alexa i pokušavaju mu pomoći.
Gary pronalazi Dereka i dok Meredith i Cristina gledaju, Gary uperi svoj pištolj na Dereka. Derek ga prigovara, ali dolazi April i tada Gary puca u Dereka.
Cristina pokušava spriječiti Meredith da ode Dereku, ali to čini nakon što je Gary otišao. Odvedu ga u operacijsku operaciju i Cristina operira.
Gary pronalazi Lexie i kaže da je tu da ubije Dereka, Webbera i nju jer su oni ti koji su pustili njegovu ženu da umre. Garyja je snajperist upucao u rame.
Owen i Teddy uspijevaju izaći, ali Owen se vraća nakon Cristine. Webber, koji nije bio u bolnici, proklizava policiji i ulazi.
Owen pronalazi Cristinu kako djeluje na Dereka s pištoljem u glavu. Gary želi da ona prestane. Owen stvara diverziju i biva upucan. Avery isključuje monitor srca i Gary misli da je Derek mrtav i čim ode, ponovno ga počinju operirati. Cristina kaže Meredith da odvede Owena u susjedstvo i izvuče metak iz njega. April primijeti da Meredith krvari, a Meredith kaže da ima pobačaj.
Webber pronalazi Garyja, a Gary kaže da mu je ostao samo jedan metak tako da ne može upucati Webbera, a zatim i sebe kao što je planirao. Webber kaže da može upucati Webbera i onda otići u zatvor, ili pucati u sebe i otići u zagrobni život sa svojom ženom. On puca u sebe.