האנטומיה של גריי עונה 6 התחיל עם באנג ונגמר בהרבה באנגים! אחרי כמה נושאים ופרקים חסרי ברק בעונות הקודמות, עונה 6 חוזרת לגאול את התוכנית בשלמותה על ידי מתן דרמה מרתקת ומלאת אקשן בכל פרק.
עם מיזוג עם בית חולים אחר וקבוצות חדשות של רופאים, הסיפורים מתחילים לקבל פיתולים חדשים:
מותו של ג'ורג'
כולם הרוסים ממותו של ג'ורג', למרות שרובם חוסמים אותו, אבל בשלב זה או אחר, כל אחד בוכה על אובדנו.
כבד לתאצ'ר
תאצ'ר זקוקה לכבד חדש ולקסי מיד נבדקת. היא לא מתאימה ומבקשת מרדית' לבדוק. היא נרתעת בהתחלה, אבל אז בודקת ומגלה שהיא מתאימה. היא שכובה במיטה לזמן מה לאחר הניתוח.
התמזג עם מרסי ווסט
הצ'יף מכריז שסיאטל גרייס תתמזג עם רחמים ווסט. ריד, אפריל, פרסי ואייברי הם חלק מהתושבים שמגיעים מרסי ווסט. בהתחלה הם לא מתאימים, אבל בסופו של דבר הדברים הולכים חלק יותר, למרות שיש תחרות רבה על הניתוחים.
איזי עוזב
איזי נעלמת ואלכס לא יודעת אם היא ממשיכה בטיפול שלה. הוא מנסה שוב ושוב להתקשר אליה, אך היא לא מתקשרת אליו בחזרה. כשהיא אכן חוזרת ומגלה שהיא נקייה מסרטן, היא רוצה לחזור איתו יחד, אבל הוא אומר שמגיע לו יותר טוב. הוא מתחיל לצאת עם לקסי, אבל כשהוא חושב שהוא גוסס, הוא קורא לאיזי.
אוון נותן לכריסטינה טדי
אוון מקבל את טדי אלטמן, מנתח לב חזה שהיה במלחמה עם אוון להגיע לבית החולים. כריסטינה אוהבת אותה, אבל הבעיה היא שגם אוון. אוון אוהב את כריסטינה וטדי, וטדי סוף סוף גורם לו לבחור והוא בוחר בכריסטינה.
ביילי דייטים
ביילי מתחילה לצאת עם הרופא המרדים בן וורן והיא הרבה יותר מאושרת עד שהיא רואה אותו מפלרטט עם עמית לעבודה. הוא אומר לה שזה פלירטוט מזויף ושהוא עושה את זה כדי שהיא תהיה נחמדה אליו כשהיא קובעת תור, אבל שבאמת אכפת לו מביילי וזה ממש פלירטוט.
דרק הוא צ'יף
מרדית' מבינה שהצ'יף שותה, אבל מחפה עליו. היא מזכירה זאת בפני דרק ומבקשת ממנו לא לספר לאף אחד. הוא מתאפק לזמן מה אבל אז אומר לדירקטוריון. הם שולחים את וובר למכון גמילה והופך את דרק לראש. דרק שונא להיות ראשי כי אין לו זמן לניתוחים. כאשר וובר חוזר, הדירקטוריון לא נותן לו לחדש את עבודתו מיד, אז הוא עובד תחת דרק כמטפל.
בלי תינוקות
אריזונה וקאלי נפרדות כי קאלי רוצה ילדים ואריזונה לא. לאחר פחד מוות, קאלי אומרת שהיא יכולה לחיות בלי ילדים, אבל היא לא יכולה בלי אריזונה. אריזונה אומרת שהיא רוצה הרבה ילדים.
בתו של מארק מוצאת אותו ומספרת לו שהיא בהריון. הוא מזמין אותה לגור איתו, אז לקסי עוזבת. כשהתינוק נולד, מארק רוצה לשמור עליו, אבל אריזונה מדברת עליו, ואומרת שלתינוק יש הורים טובים שמחכים לו.
מרדית' מגלה שהיא בהריון, אבל מאוחר יותר באותו יום יש קרב יריות והיא מפילה עוד לפני שיש לה הזדמנות לספר לדרק.
The Shoot Out
גארי קלארק הביא את אשתו אליסון לבית החולים, אבל הם לא הצליחו להציל אותה. היא הייתה המטופלת של וובר ולקסי, ובניגוד לרצונו של גארי, הם כיבו את המכונה שהחזיקה אותה בחיים בגלל הנחיה מתקדמת שהיא חתמה עליה שלוש שנים קודם לכן.
מספר שבועות לאחר מכן, לאחר תביעה משפטית, גארי נכנס לבית החולים ושואל את ריד איפה המפקד והיא מעיפה אותו, אז הוא יורה בה. אלכס נכנס לראות מה קרה והוא יורה בו. אלכס גורר את עצמו למעלית.
אפריל מטיילת מעל ריד כשהיא צועדת בזמן שהיא כותבת ביומן שלה. היא בהלם אבל מצליחה לספר לדרק שריד מת. דרק מתקשר לאבטחה ולמשטרה ומקבל הוראה לנעול את בית החולים.
גארי יורה בפרסי, אבל לא ביילי כי היא אומרת שהיא אחות. כשגארי עוזב, היא מנסה להציל את פרסי בעזרת המטופל שלה. הם גוררים אותו למעלית, אבל המעליות לא פועלות כי הן ננעלות ופרסי מת.
גארי יורה באחות, ואז מארק ולקסי מוצאים את אלכס ומנסים לעזור לו.
גארי מוצא את דרק ובזמן שמרדית' וכריסטינה צופים, גארי מאמן את האקדח שלו על דרק. דרק מדבר עליו, אבל אפריל נכנסת ואז גארי יורה בדרק.
כריסטינה מנסה למנוע מרדית' ללכת לדרק, אבל היא עושה זאת לאחר שגארי עזב. הם מביאים אותו לחדר מיון וכריסטינה מבצעת.
גארי מוצא את לקסי ואומר שהוא שם כדי לירות בדרק, וובר ובה כי הם אלה שנתנו לאשתו למות. גארי נורה בכתפו על ידי צלף.
אוון וטדי מסתדרים, אבל אוון חוזר אחרי כריסטינה. וובר, שלא היה בבית החולים, חומק ליד המשטרה ומגיע פנימה.
אוון מוצא את כריסטינה מנתחת את דרק עם אקדח לראשה. גארי רוצה שהיא תפסיק. אוון יוצר הסחה ונורה. אייברי מנתקת את מוניטור הלב וגארי חושב שדרק מת וברגע שהוא עוזב, הם מתחילים לנתח אותו שוב. כריסטינה אומרת למרדית' לקחת את אוון בסמוך ולהוציא ממנו את הכדור. אפריל שמה לב שמרדית' מדממת ומרדית' אומרת שיש לה א הַפָּלָה.
וובר מוצא את גארי, וגארי אומר שנותר לו רק כדור אחד אז הוא לא יכול לירות בוובר ולאחר מכן בעצמו כפי שתכנן. וובר אומר שהוא יכול לירות בוובר ואז ללכת לכלא, או לירות בעצמו וללכת לעולם הבא עם אשתו. הוא יורה בעצמו.