De familie Prado en The Skinner staan centraal in Dexter seizoen 3. Plus, Rechts wordt een familieman.
Het persoonlijke leven van Dexter
Rita ontdekt dat ze zwanger is en ze besluiten te trouwen. Terwijl Rita vordert met trouwplannen, is Dexter veel weg met zijn nieuwe vriend, Manuel Prado. Manuel ziet Dexter voor wie hij werkelijk is en hij wordt niet afgewezen. Dexter begint zijn hoede te verliezen met Manuel en ze worden echte vrienden.
Op het moment dat hij bijna sterft door toedoen van George King, realiseert Dexter zich dat hij zijn zoon heel graag ter wereld wil zien komen en hem wil zien opgroeien.
Dexter vraagt Debra om zijn getuige te zijn en hij en Rita trouwen.
Harry's code
Dexter ontdekt dat een seksueel roofdier Astor in de gaten houdt. Volgens Harry's code kan Dexter het roofdier niet doden omdat hij geen moordenaar is. Dexter concludeert dat de code moet evolueren en zijn eigen code moet worden. Hij doodt het roofdier.
De familie Prado
Dexter vindt zijn volgende moord, een moorddadige drugsdealer die de naam Freebo draagt. Dexter struikelt per ongeluk in een gevecht tussen Freebo en een man waarvan hij later verneemt dat het Oscar Prado is. Freebo rent weg en Dexter doodt Oscar uit zelfverdediging. Oscar's broer, assistent-officier van justitie Miguel Prado, werkt aan de zaak. Miguel heeft een verleden met LaGuerta en ze zijn nog steeds hecht.
Dexter vindt Freebo en doodt hem, maar Miguel vangt hem bijna. Buiten vertelt Dexter Miguel dat hij Freebo moest doden uit zelfverdediging. Miguel helpt hem de misdaad te verdoezelen en de twee beginnen samen rond te hangen. Rita brengt graag tijd door met Miguels vrouw Syl.
Miguel voegt twee en twee samen als een crimineel over wie hij klaagde dood wordt aangetroffen. Hij wil met Dexter samenwerken om de stad veiliger te maken. Dexter wil hem ontmoedigen en komt met een plan om Miguel een crimineel te laten gaan zodat Dexter hem kan doden. Hij is geschokt als Miguel het plan doorzet.
Miguel wil dat ze een taaie advocaat vermoorden, Ellen Wolf, die Miguel professioneel in de weg staat. Dexter zegt dat ze niet aan de code voldoet en wanneer ze vermist wordt, verdenkt Dexter Miguel en bevestigt hij zijn vermoedens door de aanwijzingen te volgen die Miguel heeft achtergelaten.
Dexter probeert Miguel te beïnvloeden, maar komt uiteindelijk tot de conclusie dat hij hem zal moeten vermoorden. Miguel huurt zijn boze broer Ramon in als lijfwacht. Het plan van Dexter is om het op de avond van de bruiloft te doen, omdat Miguel zijn getuige zou zijn. Dexter merkt dat LaGuerta Miguel door heeft en dat ze in gevaar is, dus vermoordt Dexter hem eerder.
Yuki Amado
Yuki, een medewerker van Interne Zaken, neemt contact op met Debra omdat ze informatie wil over Debra's nieuwe partner, Joey Quinn. Debra weigert de vele, vele verzoeken van Yuki en vertelt Quinn uiteindelijk dat hij wordt onderzocht. Quinn zegt dat het persoonlijk is, maar vertelt Debra later dat Yuki zijn partner was en dat ze het hem nooit heeft vergeven weten over de drugsverslaving van een collega en proberen hem persoonlijk te helpen in plaats van naar hun superieuren. De man stierf aan een overdosis drugs.
De Skinner
Wanneer Dexter voor het eerst een slachtoffer herkent als Teegan, Freebo's vriendin, gaat hij ervan uit dat Freebo haar heeft vermoord. Maar als de moorden doorgaan nadat Dexter Freebo heeft vermoord, weet hij dat het iemand anders is, ondanks dat de politie op zoek is naar Freebo. De moordenaar wordt The Skinner genoemd omdat hij de huid van zijn slachtoffer verwijdert voordat hij ze doodt. De afdeling brengt George King uiteindelijk in verband met de moorden en Dexter komt erachter dat hij mensen als marteling beschouwt omdat hij wil dat ze hem vertellen hoe hij Freebo kan vinden, die hem geld schuldig is.
De Skinner ontvoert Dexter en bindt hem vast aan een tafel. Dexter wordt vrijgelaten en doodt The Skinner net als de politie arriveert. Dexter gooit hem op een politieauto om het op zelfmoord te laten lijken en sluipt dan uit een raam.
Debra's Guy
Terwijl hij op zoek is naar The Skinner, zegt Quinn tegen Debra dat hij moet praten met zijn vertrouwelijke informant, Anton Briggs. Debra praat meerdere keren met hem en ze vormen een romantische relatie. Debra voelt zich schuldig over het hebben van een relatie met een informant en vertelt Dexter dat hun vader het niet zou goedkeuren. Dexter vertelt Debra dat hun vader een affaire had met een informant.
Sergeant Batista raadt Debra aan voor een detectiveschild en LaGuerta vraagt haar of ze het schild of Anton liever heeft, en ze kiest Anton. LaGuerta zegt dat haar persoonlijke leven altijd op de eerste plaats moet komen en geeft haar het schild.
Anton wordt meegenomen door The Skinner en Debra maakt overuren totdat ze Anton vindt.
Dexter's verbinding
Dexter, die beweert geen gevoelens te hebben, is altijd op zoek naar verbinding. Hij dacht dat hij die connectie in Miguel Prado had gevonden en begon zijn diepste geheimen te delen, maar ontdekte dat Miguel hem manipuleerde. Dexter's zoektocht naar verbinding gaat door.
