Greys anatomi sesong 2 begynner rett etter at Addison dukker opp og introduserer seg for Meredith som Dereks kone. Senere finner en pasient ut at Meredith lå med Addisons mann, og hun er frekk mot Meredith. Addison går inn og sier at det var hun som var utro mot mannen sin, og pasienten skylder Meredith en unnskyldning. Derek forteller Meredith historien. Derek og Addison bodde i New York og han kom hjem for å finne Addison i sengen med sin beste venn, Mark. Han dro og kom til Seattle.
Merediths McDreamy-utgaver
Addison kom til Seattle for å snakke med Derek om å reise tilbake til New York med henne. Han tar ikke akkurat sjansen, og hun gir ham skilsmissepapirer som sier at hun vil signere hvis han gjør det. Hun forteller Meredith at hun ikke vil ha en mann som ikke vil ha henne, men hvis det er den minste sjanse for at han gjør det, forlater hun ikke Seattle.
Først sier Meredith at hun ikke vil ha noe med ham å gjøre, men så ombestemmer hun seg og sier at hun vil at han skal velge henne og elske henne. Hun sier å signere
Derek prøver å gjøre det beste ut av ting med Addison. Forholdet deres er anstrengt og Derek liker tydeligvis å være rundt Meredith, men han prøver å finne ut av det med Addison. Han forteller Addison at Meredith ikke var en fling, han hadde forelsket seg i henne og de følelsene forsvinner ikke bare umiddelbart.
Etter å ha hatet Derek en stund, bestemmer Meredith seg for at de kan være venner. Om morgenen går de tur med hunden som Meredith fikk fra pundet, men ikke kunne beholde og ga til Derek.
Derek blir ekstremt opprørt når han får vite at Meredith er sammen med hundens veterinær. Han kaller henne en hore og hun sier at Derek ikke får kalle henne en hore fordi han knuste henne. Addison tar opp spenningen mellom dem og har en nedsmelting som halve sykehuset hører.
Meredith føler seg klaustrofobisk når hun ser Derek se på henne. Hun løper av gårde og han følger etter og de ender opp med å sove sammen. Når det er på tide å dra, er Meredith mellom veterinæren og Derek, og de ber begge henne om å bli med dem. Hun ser på den ene og så den andre og tilbake igjen.
Babyen og pappaen
Cristina forteller Meredith at hun er gravid, men vil ikke fortelle henne hvem faren er. Meredith finner ut av det når George sier at han så Cristina kysse Burke. Cristina besvimer under en operasjon og blir hastet til operasjon for en ektopisk graviditet. Noen dager senere blir Burke og Cristina sammen igjen. Til slutt vil han vite hva planene hennes var for babyen, og hun er overrasket over at han ikke er sint når hun sier at hun ikke hadde planlagt å få babyen.
Burke blir skutt og mister litt kontroll over hånden og Cristina har vanskelig for å være der for ham, men slutter seg til ham på sykehusrommet og holder hånden hans.
Alvor? George?
George prøver å fortelle Meredith hvordan han føler for henne, men hun hører egentlig ikke etter, før en natt da hun er spesielt sårbar. De sover sammen, men Meredith får et gråteanfall midt i å elske og George løper ut og flytter deretter ut. Hun prøver å be om unnskyldning, men han vil ikke ha noe med henne å gjøre. Etter flere måneder tilgir han henne og sa at han visste at det var galt, selv mens det skjedde, og han burde ha stoppet det.
George begynner å date Dr. Callie Torres, en usikker kvinne som er en stor ortopedisk kirurg. Hun ønsker å passe inn med Georges venner, men ser ut til å være på utsiden.
Izzie og det svake hjertet
Izzie forelsker seg i en av Burkes hjertepasienter mens hun dater Alex. Alex ber pasienten, Denny, trekke seg unna fordi han kommer til å dø og da vil Izzie bli ødelagt. Izzie finner ut hva Alex gjorde og slår opp med ham. For å få Denny opp på donorlisten for å få hjertet han trenger, kutter Izzie en av ledningene hans og tenker at Burke vil være tilbake med det nye hjertet når som helst og vil kunne fikse Denny. Burke kommer ikke fordi han ble skutt og Izzie, Meredith, George og Cristina prøver desperat å redde Denny, men de vet ikke hva de skal gjøre.
Alex overtaler kardiothoraxkirurgen Erica Hahn til å komme til sykehuset for å gjøre operasjonen, og hun ender opp med å redde Denny. Denny ber Izzie om å gifte seg med ham, og hun godtar. Denny virker helt fin, men så dør plutselig, og Izzie er knust.
En stressende fødsel
Dr. Bailey forteller Webber at hun er gravid, og noen måneder senere legger Addison Bailey på sengeleie. Bailey kommer til sykehuset i fødsel. Mannen hennes skynder seg for å komme til sykehuset, krasjer bilen hans og Derek foretar en hjerneoperasjon på ham. Han går gjennom og Bailey, med mye hjelp fra George, får en gutt.
McSteamys inngang
Mark Sloan dukker opp på sykehuset og flørter med Meredith. Derek slår ham, og mens Meredith holder speilet slik at Mark kan sy sitt eget ansikt (han er en plastikkirurg), påpeker han at da Derek tok ham i seng med Addison, snudde han seg og gikk bort, men da han bare snakket med Meredith, slo Derek ham.
