Ordre 66 var ordren som kansler Palpatine ga Grand Army of the Republic i Episode III: Revenge of the Sith. Det var en av flere beredskapsordrer gitt til Clone Troopers, som de ble opplært til å følge uten spørsmål i tilfelle en nødsituasjon. Ordre 66, som bare kunne utføres på Palpatines direkte kommando, ba klonesoldatene drepe Jedi-lederne sine. Tilsynelatende på plass for å hindre Jedi fra å snu seg mot republikken, var Order 66 egentlig Palpatines plan for å eliminere Jedi-ordenen, slik at Sith kunne ta makten.
I universet: Ordre 66 sier:
I tilfelle Jedi-offiserer handler mot republikkens interesser, og etter å ha mottatt spesifikke ordre bekreftet at de kommer direkte fra den øverste sjefen (kansler), GAR-kommandører vil fjerne disse offiserene med dødelig makt, og kommandoen over GAR vil gå tilbake til den øverste sjefen (kansleren) inntil en ny kommandostruktur er etablert.
Da ordre 66 ble utstedt, var en rekke Clone Troopers trodde det var en falsk ordre og begynte å beskytte Jedi i stedet for å drepe dem. Flere andre Jedi overlevde ved å drepe de angripende Clone Troopers.
Darth Vader ledet kampanjen for å jakte på og drepe de fleste av de overlevende i årene etter ordre 66. Denne keiserlige ødeleggelsen av Jedi er kjent som Great Jedi Purge. Over 100 Jedi og tidligere Jedi gikk i skjul og overlevde hele Purge; for eksempel Yoda og Obi-Wan Kenobi overlevde ved å gå i eksil på de avsidesliggende planetene Dagobah og Tatooine.
