Prado-familien og The Skinner står i sentrum for Dexter sesong 3. Plus, Dexter blir en familiefar.
Dexters personlige liv
Rita oppdager at hun er gravid og de bestemmer seg for å gifte seg. Ettersom Rita går videre med bryllupsplaner, er Dexter mye borte med sin nye venn, Manuel Prado. Manuel ser Dexter for den han egentlig er, og han blir ikke frastøtt. Dexter begynner å svikte vaktholdet med Manuel, og de blir ekte venner.
I det øyeblikket han nesten dør i hendene på George King, innser Dexter at han virkelig ønsker å se sønnen sin komme til verden, og han vil se ham vokse opp.
Dexter ber Debra om å være hans beste mann, og han og Rita gifter seg.
Harrys kode
Dexter oppdager at et seksuelt rovdyr ser på Astor. I følge Harrys kode kan ikke Dexter drepe rovdyret fordi han ikke er en morder. Dexter konkluderer med at koden må utvikles og bli hans egen. Han dreper rovdyret.
Prado-familien
Dexter finner sitt neste drap, en morderisk narkohandler som går under navnet Freebo. Dexter snubler ved et uhell i en kamp mellom Freebo og en mann han senere får vite er Oscar Prado. Freebo løper bort og Dexter dreper Oscar i selvforsvar. Oscars bror, assisterende distriktsadvokat Miguel Prado, jobber med saken. Miguel har en historie med LaGuerta, og de er fortsatt nære.
Dexter finner Freebo og dreper ham, men Miguel fanger ham nesten. Utenfor forteller Dexter til Miguel at han måtte drepe Freebo i selvforsvar. Miguel hjelper ham å dekke over forbrytelsen og de to begynner å henge sammen. Rita liker å tilbringe tid med Miguels kone, Syl.
Miguel setter to og to sammen når en kriminell han klaget over dukker opp død. Han ønsker å samarbeide med Dexter for å gjøre byen til et tryggere sted. Dexter ønsker å ta motet fra ham og kommer derfor opp med en plan for å få Miguel til å la en kriminell gå slik at Dexter kan drepe ham. Han er sjokkert når Miguel går gjennom planen.
Miguel vil at de skal drepe en tøff forsvarsadvokat, Ellen Wolf, som kommer i veien for Miguel profesjonelt. Dexter sier at hun ikke passer til koden, og når hun dukker opp savnet, mistenker Dexter Miguel og bekrefter mistankene hans ved å følge ledetrådene etter Miguel.
Dexter prøver å få innflytelse på Miguel, men kommer til slutt til den konklusjon at han må drepe ham. Miguel ansetter sin sinte bror, Ramon, som livvakt. Dexters plan er å gjøre det kvelden for bryllupet fordi Miguel skulle være hans beste mann. Dexter legger merke til at LaGuerta er på vei til Miguel og at hun er i fare, så Dexter dreper ham før.
Yuki Amado
Yuki, en Internal Affairs-agent, kontakter Debra fordi hun vil ha informasjon om Debras nye partner, Joey Quinn. Debra avslår de mange, mange forespørslene fra Yuki og forteller til slutt Quinn at han blir etterforsket. Quinn sier at det er personlig, men forteller senere til Debra at Yuki var partneren hans og at hun aldri tilga ham for vite om en kollegas rusavhengighet og prøver å hjelpe ham personlig i stedet for å gå til deres overordnede. Mannen døde av en overdose av narkotika.
Skinneren
Når Dexter først gjenkjenner et offer som Teegan, Freebos kjæreste, antar han at Freebo drepte henne. Men når drapene fortsetter etter at Dexter drepte Freebo, vet han at det er noen andre, til tross for at politiavdelingen leter etter Freebo. Morderen kalles The Skinner fordi han fjerner offerets hud før han dreper dem. Avdelingen kobler til slutt George King til drapene og Dexter finner ut at han flår folk som tortur fordi han vil at de skal fortelle ham hvordan han skal finne Freebo, som skylder ham penger.
Skinneren kidnapper Dexter og binder ham til et bord. Dexter kommer seg fri og dreper The Skinner akkurat da politiet ankommer. Dexter kaster ham på en politibil for å få det til å se ut som et selvmord og sniker seg deretter ut et vindu.
Debras fyr
Mens han leter etter The Skinner, ber Quinn Debra om å snakke med sin konfidensielle informant, Anton Briggs. Debra snakker med ham flere ganger og de danner et romantisk forhold. Debra føler seg skyldig over å ha et forhold til en CI og forteller Dexter at faren deres ikke ville godkjenne det. Dexter forteller Debra at faren deres hadde en affære med en CI.
Sersjant Batista anbefaler Debra for et detektivskjold og LaGuerta spør henne om hun heller vil ha skjoldet eller Anton, og hun velger Anton. LaGuerta sier at hennes personlige liv alltid skal komme først, og gir henne skjoldet.
Anton blir tatt av The Skinner og Debra jobber overtid til hun finner Anton.
Dexters forbindelse
Dexter, som hevder å ikke ha noen følelser, leter alltid etter en forbindelse. Han trodde han hadde funnet den forbindelsen i Miguel Prado og begynte å dele sine dypeste hemmeligheter, bare for å finne ut at Miguel manipulerte ham. Dexters søken etter forbindelse fortsetter.
