Obitelj Prado i Skinner zauzimaju središnje mjesto za Dexterovu sezonu 3. Plus, Dexter postaje obiteljski čovjek.
Dexterov osobni život
Rita otkriva da je trudna i odlučuju se vjenčati. Kako Rita napreduje s planovima za vjenčanje, Dexter je često otišao sa svojim novim prijateljem Manuelom Pradom. Manuel vidi Dextera kakav on zapravo jest i nije mu odbojno. Dexter počinje spuštati gard s Manuelom i oni postaju pravi prijatelji.
U trenutku kada gotovo umire od ruke Georgea Kinga, Dexter shvaća da stvarno želi vidjeti svog sina kako dolazi na svijet i želi ga vidjeti kako odrasta.
Dexter zamoli Debru da mu bude kum i on i Rita se vjenčaju.
Harryjev kod
Dexter otkriva da Astor promatra seksualni grabežljivac. Prema Harryjevom kodu, Dexter ne može ubiti grabežljivca jer on nije ubojica. Dexter zaključuje da se kod treba razvijati i postati njegov. On ubija grabežljivca.
Obitelj Prado
Dexter pronalazi svoje sljedeće ubojstvo, dilera droge ubojice koji se zove Freebo. Dexter slučajno upada u borbu između Freeba i čovjeka za kojeg kasnije sazna da je Oscar Prado. Freebo bježi, a Dexter u samoobrani ubija Oscara. Oscarov brat, pomoćnik okružnog tužitelja Miguel Prado, radi na slučaju. Miguel ima povijest s LaGuertom i još uvijek su bliski.
Dexter pronalazi Freeboa i ubija ga, ali ga Miguel gotovo uhvati. Vani, Dexter kaže Miguelu da je morao ubiti Freeba u samoobrani. Miguel mu pomaže prikriti zločin i njih dvoje se počinju družiti zajedno. Rita uživa provoditi vrijeme s Miguelovom suprugom Syl.
Miguel spaja dva i dva kad se kriminalac na kojeg se žalio pojavi mrtav. Želi surađivati s Dexterom kako bi grad učinio sigurnijim mjestom. Dexter ga želi obeshrabriti i tako smisli plan da Miguel pusti kriminalca kako bi ga Dexter mogao ubiti. Šokiran je kada Miguel provede plan.
Miguel želi da ubiju oštru braniteljicu, Ellen Wolf, koja Miguelu profesionalno stoji na putu. Dexter kaže da se ne uklapa u šifru, a kada se otkrije da je nestala, Dexter posumnja u Miguela i potvrđuje njegove sumnje slijedeći tragove koje je ostavio Miguel.
Dexter pokušava dobiti polugu na Miguela, ali konačno dolazi do zaključka da će ga morati ubiti. Miguel unajmljuje svog bijesnog brata Ramona kao tjelesnog čuvara. Dexterov plan je da to učini u noći vjenčanja jer mu je Miguel trebao biti kum. Dexter primijeti da je LaGuerta na Miguelu i da je u opasnosti, pa ga Dexter prije ubije.
Yuki Amado
Yuki, agentica za unutarnje poslove, kontaktira Debru jer želi informacije o Debrinom novom partneru, Joeyju Quinnu. Debra odbija mnoge, mnoge zahtjeve od Yukija i na kraju kaže Quinnu da je pod istragom. Quinn kaže da je to osobno, ali kasnije kaže Debri da mu je Yuki bio partner i da mu nikada nije oprostila znajući za kolegovu ovisnost o drogama i pokušavajući mu osobno pomoći umjesto da ide kod njih nadređeni. Muškarac je preminuo od predoziranja drogom.
Skinner
Kada Dexter prvi put prepozna žrtvu kao Teegan, Freeboovu djevojku, pretpostavlja da ju je Freebo ubio. Ali, kada se ubojstva nastave nakon što Dexter ubije Freeba, on zna da je to netko drugi, unatoč tome što policijska uprava traži Freeba. Ubojica se zove Skinner jer skida kožu svoje žrtve prije nego što ih ubije. Odjel naposljetku povezuje Georgea Kinga s ubojstvima i Dexter shvaća da ode ljude kao mučenje jer želi da mu kažu kako pronaći Freeba, koji mu duguje novac.
Skinner otme Dextera i veže ga za stol. Dexter se oslobađa i ubija Skinnera baš kad policija stiže. Dexter ga baci na policijski auto kako bi izgledalo kao samoubojstvo, a zatim se iskrade kroz prozor.
Debrin tip
Dok traži Skinnera, Quinn kaže Debri da razgovara s njegovim povjerljivim doušnikom, Antonom Briggsom. Debra nekoliko puta razgovara s njim i uspostavljaju romantičnu vezu. Debra se osjeća krivom zbog veze s CI i kaže Dexteru da njihov otac ne bi odobrio. Dexter kaže Debri da je njihov otac imao aferu s CI.
Narednik Batista preporučuje Debru za detektivsku zaštitu, a LaGuerta je pita da li bi radije imala štit ili Antona, a ona bira Antona. LaGuerta kaže da bi njezin osobni život uvijek trebao biti na prvom mjestu i daje joj štit.
Antona uzima The Skinner i Debra radi prekovremeno dok ne pronađe Antona.
Dexterova veza
Dexter, koji tvrdi da nema osjećaja, uvijek traži vezu. Mislio je da je tu vezu pronašao u Miguelu Pradu i počeo je dijeliti svoje najdublje tajne, samo da bi otkrio da Miguel manipulira njime. Dexterova potraga za vezom se nastavlja.
